Existen algunos aminoácidos modificados que se encuentran en proteínas, tales como O-fosfoserina, 4-Hidroxiprolina, d-Hidroxilisina,tiroxina y ácido g-Carboxiglutámico (Mathews, et. al., 2002).

De manera general todos los aminoácidos constituyentes de las proteínas presentan la configuración L, los que tienen conformación D se encuentran en algunos polipéptidos bacterianos, de acuerdo con Nelson et. al. (2009). En estados de ayuno o de bajo suministro de alimentos algunos de los aminoácidos presentan actividad glucogénica, es decir son precursores de la biosíntesis de la glucosa mediante una ruta metabólica denominada gluconeogénesis.

En la dieta pueden clasificarse a los aminoácidos como esenciales que no son sintetizados por el organismo, estos deben consumirse en la dieta y los no esenciales que son producidos por las funciones y reacciones metabólicas.